中国政府管制研究院秉承科学研究的基础性作用，以科研项目为依托，坚持学术带头人引领、成员之间合作研究的运作方式，通过凝练研究方向、聚焦研究热点，系统研究公用事业、环境、食品和医疗等管制领域的基本理论和热点问题，以推动中国政府监管理论体系创新。

近年来，中国政府管制研究院先后主持了“中国特色政府监管理论体系与应用研究”、“中国城市公用事业政府监管体系创新研究”、“我国公用事业PPP的制度性缺陷分析与治理对策研究”、“基于科学发展观的深化垄断行业改革研究”、“我国城市公用事业民营化与管制政策研究”等21项国家社会科学基金重大、重点和一般项目，“中国能源监管体系和监管政策研究”、“中国垄断性产业管制机构的设立与运行机制研究”、“基于激励性管制的PPP污水处理项目服务价格调整机制研究”、“城市公用事业特许经营权竞标机制分类设计与管制政策研究”等16项国家自然科学基金重点、面上和青年项目，“城市污水处理系统激励性监管政策与绩效管理实施方案研究”、“城镇供水企业运营管理制度研究”、“城镇排水与污水处理系统污染物核算及高效监管技术体系研究与示范”等3项国家科技重大专项子课题。